เดิมวัดแห่งนี้ชาวบ้านเรียกขานว่า “วัดบางโทง” ซึ่งตั้งตามชื่อหมู่บ้านที่ตั้ง วัดบางโทงได้รับพระราชทานวิสุงคามสีมาเมื่อวันที่ 13 กุมภาพันธ์ 2496 เขตวิสุงคามสีมา กว้าง 30 เมตร ยาว 70 เมตร ได้ทำพิธีผูกพัทธสีมา เมื่อวันที่ 14 มีนาคม 2519 มีเจ้าอาวาสปกครองติดต่อกันมาจนถึงปัจจุบัน 4 รูป

          โดยเจ้าอาวาสรูปปัจจุบัน (รูปที่ 4) คือ พระเทพวชิรากร (พิศาล ปุรินฺทโก) ซึ่งท่านถือเป็นบุคคลสำคัญในการพัฒนาวัดบางโทงแห่งนี้ โดยในช่วงปี 2545 หลังจากที่ท่านได้มาพำนักอยู่ที่วัดบางโทงแห่งนี้ และได้พิจารณาเห็นว่า วัดแห่งนี้มีสภาพชำรุดทรุดโทรมเป็นอย่างมาก ท่านจึงได้ทำการ รื้อถอนอาคารเสนาสนะที่มีอยู่เดิมออกเกือบทั้งหมด ยกเว้นพระอุโบสถ (หลังเดิม) แล้วจึงดำเนินการก่อสร้างอาคารเสนาสนะต่าง ๆ ขึ้นมาใหม่ นอกจากนี้พระราชวชิรากรที่เล็งเห็นความสำคัญของการศึกษายังได้ก่อสร้างอาคารเรียนพระปริยัติธรรมแผนกธรรม-บาลี และพัฒนายกระดับให้วัดบางโทงเป็นสถานที่ศึกษาเรียนรู้ ธรรม-บาลี ของเหล่าบรรดาพระภิกษุ-สามเณรที่มีความสนใจ

           วัดบางโทงเดินทางมาถึงจุดสำคัญในปี พ.ศ. 2545 เมื่อประชาชนและหน่วยงานจากหลากหลายภาคส่วนในจังหวัดกระบี่ ได้ร่วมกันจัดทำ “โครงการสร้างพุทธสถานและพระมหาธาตุเจดีย์ เฉลิมพระเกียรติ ๕๐ พรรษา มหาวชิราลงกรณ” ขึ้นที่วัดแห่งนี้ โดยมีวัตถุประสงค์เพื่อเฉลิมพระเกียรติพระบาทสมเด็จพระเจ้าอยู่หัว ซึ่งขณะนั้นดำรงพระราชอิสริยยศ

สมเด็จพระบรมโอรสาธิราช ฯ สยามมกุฎราชกุมาร

          ในวันที่ 11 ม.ค. 2548 พระบาทสมเด็จพระเจ้าอยู่หัว ทรงพระกรุณาโปรดเกล้าฯ ให้สมเด็จพระเจ้าลูกเธอ เจ้าฟ้าสิริวัณณวรี นารีรัตนราชกัญญา ซึ่งขณะนั้นดำรงพระราชอิสริยยศ พระเจ้าหลานเธอ พระองค์เจ้าสิริวัณณวรีนารีรัตน์ เสด็จแทนพระองค์ทรงวางศิลาฤกษ์พระมหาธาตุเจดีย์ และทรงเททองหล่อพระพุทธปฏิมาประจำพระชนวารในโครงการดังกล่าว          

          หลังจากนั้นในวันที่ 16 พฤศจิกายน 2549 พระบาทสมเด็จพระเจ้าอยู่หัว พระราชทานนามวัดบางโทงให้ใหม่ เป็น “วัดมหาธาตุวชิรมงคล” พร้อมทั้งให้อัญเชิญพระนามาภิไธยย่อ “ม.ว.ก.” ขึ้นประดิษฐานที่หน้าบันพระอุโบสถ ขณะที่พระพุทธปฏิมาประจำพระชนมวารฯ ให้ใช้พระนามว่า “พระพุทธทักษิณชัยมงคล”